Análisis Filogenético de Cepas Venezolanas del Virus de la Encefa litis Equina del Este

Resumen

Se realizó un estudio molecular de cinco cepas de
virus de encefalitis equina del este (VEEE) mediante
secuenciación de productos obtenidos en el ensayo
de transcriptasa reversa acoplada a la reacción en
cadena de la polimerasa (RT-PCR, por sus siglas en
inglés). Secuencias de ~ 500 pb de la región 3’ no
traducible del genoma se compararon con secuencias
homólogas variantes Sur Americana (SA) y Norte
Americana (NA) del complejo VEEE. La cepa
EE VE02 EL PAO, con la cual se desarrolló una
vacuna inactivada oleosa tuvo más similitud con la
cepa EE VE76 EL DELIRIO, seguida por EE
VE75 CATATUMBO, EE VE96 MLLANO
y EE VE84 TUCACAS respectivamente. La
alineación de secuencias entre las cepas típicas reveló
diferencias de 2,82 a 8,48 %. En tanto que, la cepa
EE VE02 EL PAO difirió en un 8,86 % de la de
Perú (EE PE-0,0155 del linaje III) y en un 38,08
% de la de EEUU (EE-PE-6 del linaje I, usada
en vacunas comerciales). Los resultados indican
que las cepas autóctonas tuvieron más similitud con
la cepa SA, que con la NA. Se han identificado
cuatro principales linajes en el complejo de VEEE
(I-IV). El árbol filogenético evidenció dos clado:
uno que agrupa los linajes I-III y el otro, el linaje IV. La mayoría de las secuencias están contenidas en
el primer clado que, a su vez, se separa en dos grupos
que contienen secuencias del linaje I y secuencias
de los linajes II-III y, debido al valor bootstrap alto
(99%), los grupos se consideran completamente
distintos. Sin embargo, éste no es el caso del grupo
que contiene a los linajes II-III porque éstos se separan
sólo el 53% de las veces, pero se asume que las cepas
venezolanas pertenecen al linaje III dividido en dos
subclados: IIIA y IIIB.

Abstract
A molecular study of five strains of the eastern
equine encephalitis virus (EEEV) was conducted by
sequencing of products generated using the reverse
transcriptase assay, coupled to the polymerase chain
reaction (RT-PCR). Sequences of approximately
500 pair of bases from the non-translated 3’ region
of the genome were compared with homologous
sequences of the South American (SA) and North
American (NA) variants of the EEEV complex.
The EE VE02 EL PAO strain, used to develop
an inactivated oil vaccine had most resemblance
with the EE VE76 EL DELIRIO strain, followed
by the EE VE75 CATATUMBO, the EE VE96
MLLANO and the EE VE84 TUCACAS
strains, respectively. The alignment of sequences
among typical strains revealed differences of 2.82
and 8.48%, respectively, while the EE VE02 EL
PAO strain differed in 8.86% from the Perú strain
(EE PE-0.0155, from lineage III) and in 38.08%
from the NA strain (EE-PE-6, from lineage I, used
in commercial vaccines). The results of the present
investigation indicate that the autochthonous strains
have more similarly with the SA strain than with
the NA strain. Four major lineages (I-IV) in
the EEEV complex have been identified. The phylogenetic tree evidenced two clades, one which
groups lineages I-III and another, lineage IV. Most
of the sequences are contained in the first clade,
which at the same time, separates into two groups
containing sequences of lineage I and lineages IIIII;
and, due to the high bootstrap value (99%) the
groups are considered completely different. However,
this was not the case of the group which enclosed the
lineages II and III; because these only separate 53%
of the time, but it is assumed that the Venezuelan
strains belong to linage III, which diverges into two
subclades: IIIA and IIIB.